Et elektroforesesystem består af to hovedkomponenter: en strømforsyning og et elektroforesekammer. Strømforsyningen leverer strøm. "Kraften", i dette tilfælde, er elektricitet. Elektriciteten, der kommer fra strømforsyningen, strømmer i den ene retning fra den ene ende af elektroforesekammeret til den anden. Katoden og anoden i kammeret er det, der tiltrækker modsat ladede partikler.
Inde i elektroforesekammeret er en bakke - mere præcist en støbebakke. Støbebakken består af følgende dele: glasplade som går i bunden af støbebakken. Gelen holdes i støbebakken. "Kammen" ligner sit navn. Kammen placeres i slidser på siden af støbebakken. Den sættes i slidserne FØR den varme, smeltede gel hældes på. Efter at gelen er størknet, tages kammen ud. Kammens "tænder" efterlader små huller i gelen, som vi kalder "brønde". Brønde laves, når den varme, smeltede gel størkner omkring tænderne på kammen. Kammen trækkes ud efter at gelen er afkølet og efterlader brønde. Brøndene giver et sted at anbringe de partikler, du ønsker at teste. En person skal være meget forsigtig med ikke at forstyrre gelen, når partiklerne fyldes. Revner eller knækker gelen vil sandsynligvis påvirke dine resultater.