Gelelektroforese kan udføres i enten vandret eller lodret orientering. Vertikale geler er generelt sammensat af en akrylamidmatrix. Porestørrelser af disse geler afhænger af koncentrationen af kemiske komponenter: agarosegelporer (100 til 500 nm diameter) er større og mindre ensartede sammenlignet med acrylamidgelporer (10 til 200 nm i diameter). Til sammenligning er DNA- og RNA-molekyler større end en lineær proteinstreng, som ofte denatureres før eller under denne proces, hvilket gør dem nemmere at analysere. Proteiner køres således på acrylamidgeler (lodret). Den har den funktion at støbe geler i den oprindelige position med vores specialdesignede gelstøbeanordning.
