Gelelektroforese kan udføres i enten vandret eller lodret orientering. Horisontale geler er typisk sammensat af en agarosematrix. Porestørrelser af disse geler afhænger af koncentrationen af kemiske komponenter: agarosegelporer (100 til 500 nm diameter) er større og mindre ensartede sammenlignet med acrylamidgelporer (10 til 200 nm i diameter). Til sammenligning er DNA- og RNA-molekyler større end en lineær proteinstreng, som ofte denatureres før eller under denne proces, hvilket gør dem nemmere at analysere. Således køres DNA- og RNA-molekyler oftere på agarosegeler (vandret). Vores DYCP-31DN-system er et horisontalt elektroforesesystem. Denne støbte gelstøbeanordning kan lave 4 forskellige størrelser af geler af forskellige gelbakker.
